熊本で工場・拠点を構えるときの補助制度の探し方県・市町村・国の順に見る

この記事でわかること

制度は三層。見る順番は「県 → 市町村 → 国」
熊本県の補助金：まず「自社がどの区分か」を決める
市町村の制度：菊陽・合志・大津を並べてみる

熊本で工場や研究拠点を構えるときに使える支援は、県・市町村・国の三つの層に分かれています。県の補助金は業種ごとに投資額と雇用数の基準があり、市町村は用地取得や固定資産税の軽減を独自に上乗せしています。そして多くの制度に共通するのが、「着工や用地取得の前に手続きが要る」という点です。

制度は多く見えても、県、市町村、国の順に見ていけば整理できます。内容は2026年10月時点のものです。

制度は三層。見る順番は「県 → 市町村 → 国」

層	主な中身	まず開く場所
熊本県	投資額・雇用数に応じた補助金、融資	企業立地ガイド熊本（県企業立地課）
市町村	用地取得補助、固定資産税の軽減、雇用奨励	各市町村の企業誘致ページ・例規集
国	地域未来投資促進法の税制特例など	県の承認窓口、国の制度ページ

県が運営する「企業立地ガイド熊本」には、市町村の支援制度が82件まとめて載っています（2026年10月時点の表示件数）。県央・県南・県北のエリアで絞り込めるので、最初の一覧づくりに使えます。全国の補助金をまとめて探すなら、中小企業基盤整備機構の「J-Net21 支援情報ヘッドライン」も地域と分野で絞り込めます。

ただし、まとめサイトは要約です。最終的な要件は、県の交付要項と市町村の条例本文に書かれています。

熊本県の補助金：まず「自社がどの区分か」を決める

県の企業立地促進補助金は、県内に工場などを新設・増設し、県と（または県の立会いで市町村と）立地協定を結ぶ企業が対象です。県内に本社がある企業向けには、地場企業立地促進補助金という別の制度もあります。交付要項（2024年8月6日以降適用）では、業種ごとに次の基準が定められています。

区分	投資額（土地を除く）	新規雇用	投資分の算定	限度額
重点5分野（半導体・モビリティ・新エネルギー・食品バイオ・IT）	3億円以上（食品バイオは1億円以上）	5人以上	3〜5％（規模で変動）	15億円
研究開発業	5,000万円以上	3人以上	5〜10％	15億円
物流施設関連	1億円以上	5人以上	3％＋賃借料の一部	1億円
一般製造業	3億円以上	5人以上	2％	5億円
外資系企業（外資比率50％超）	基準なし	基準なし	5％	1.5億円

このほか、投資200億円以上・雇用200人以上の新設を対象とする「大規模投資企業」の区分（限度額50億円）もあります。

これに加えて、県内に住む新規雇用者1人あたりの助成（49人までは1人50万円、50人以上は人数に応じて増額。非正規は半額、派遣社員は対象外）が上乗せされます。限度額は投資分と雇用分の合計です。

海外の企業が見落としやすいのが、外資系企業の区分です。外資比率が50％を超え、半導体・モビリティ・新エネルギー・食品バイオ・IT・研究開発業・一般製造業のいずれかに当たる企業は、投資額・雇用数の下限が設けられていません。ただし、立地協定の締結が前提である点は他の区分と同じです。台湾企業が日本法人をつくって進出する場合、資本構成によってこの区分に当たるかどうかが変わります。進出の計画を固める前に、県の窓口へ当たるかどうかを聞くのが近道です。

県の補助金で対象になるのは、立地協定を結んだ日から操業開始日までに取得した固定資産です。協定の前に買った設備は対象になりません。適用事業所の指定は、操業開始日の30日前までに申請します（交付要項第4条・第6条）。

なお、県内に本社がある企業には「地場企業立地促進補助金」という別の制度があり、建設工事に着手する30日前までに認定申請が必要です。

市町村の制度：菊陽・合志・大津を並べてみる

県の補助金に、市町村の制度が重なります。tsmc・jasm の進出で注目が集まる菊陽町と、隣接する合志市・大津町の条例を並べると、仕組みは似ていても基準が少しずつ違います。

	菊陽町	合志市	大津町
用地取得補助	取得価格の25％以内（上限2億円）。用地3,000㎡以上（研究所は2,000㎡以上）が要件	取得価格の20％以内（上限2億円）	取得価格の20％（上限2億円。取得後3年以内の着工）
主な要件	投資2億円以上・雇用5人以上（研究所は3人以上）・立地協定	補助：用地4,000㎡以上・投資3億円以上・立地協定・誘致条例の指定・用地利用計画の事前認定。税の軽減：投資5,000万円超・雇用5人以上（研究施設は3人以上）・着工30日前までに指定申請	投資2億円以上・雇用10人以上（研究開発・情報処理は5人以上）・用地3,000㎡以上
固定資産税	施設整備補助（税額の25％以内・3年度・年1億円まで）	施設整備補助（税額の25％・3か年度・年5,000万円まで）。別に、固定資産税の軽減相当（税率1.05%で計算。3年間。仕組みは市に確認）	施設整備補助（税額の25％・3年度・年5,000万円まで）。別に、不均一課税で税率1.4％→1.05％（3年度。投資3,000万円以上・着工30日前までに指定申請）
雇用奨励	1人30万円（上限3,000万円）	1人30万円（上限300万円。市内に住んで1年以上の人）	正社員30万円・非正規15万円（上限300万円）

※合志市は誘致条例（税の軽減）と立地促進条例（用地・施設・雇用の補助）の2本立てです。表の数字は条例の定めで、今年度に使えるか・予算があるかは、計画の早い段階で合志市商工振興課（096-248-1115）に聞くのが近道です。

注意したいのは、雇用奨励の対象が「町内・市内に住む人」に限られることが多い点です。菊陽町は町内に住んで1年以上たつ、期間の定めのない雇用者、合志市は市内に住んで1年以上の人、大津町は町内に住所を有する常時雇用者が対象です。社員がどこに住むかで、受け取れる額が変わります。

候補の市町村が決まっていない段階なら、45市町村の誘致方針と工業用地を atlas plant の地図 で一枚の地図に並べて見られます。

国の制度と、着工前に必要な届出

地域未来投資促進法では、県が承認した「地域経済牽引事業計画」に沿った投資に、法人税の特別償却や地方税の軽減が用意されています。熊本県の基本計画は「第2期熊本県地域未来投資促進基本計画」（2024年4月〜2028年度末）で、事業計画の承認窓口は県の産業支援課、税の特例の確認は九州経済産業局です。計画の承認と、補助金や税の手続きは別に進みます。熊本市では、県の承認（令和5年4月1日以後のもの）と国の確認を受けた事業について、固定資産税・都市計画税を3年度分免除する制度があります。対象事業で生まれる付加価値額が3億円以上、かつ、事業を行う企業の直近2事業年度の平均付加価値額が50億円以上であること、対象資産の取得価額が1億円超（農林漁業は5,000万円超）、令和10年3月31日までに設置することなどが要件です。

もう一つ忘れやすいのが工場立地法の届出です。製造業などで敷地面積9,000㎡以上、または建築面積3,000㎡以上の工場は「特定工場」となり、原則として着工の90日前までに市町村へ届け出ます。菊陽町では2017年4月から窓口が県から町に移っています。

探す順番と、見落としやすい3つの点

探す順番は次のとおりです。

自社の区分を決める：業種、投資額（土地を除く）、新規雇用数、外資比率
県の交付要項を読む：該当区分の基準と限度額
候補市町村の条例を開く：用地面積、雇用者の居住要件、立地協定の要否
国の制度を見る：地域未来投資促進法の計画承認、工場立地法の届出
窓口へ事前相談する：用地取得・着工・雇用の前に

見落としやすいのは次の3点です。

順番を間違えると対象外になる：県の補助金は立地協定より前に取得した設備を対象にしません。合志市・大津町の税の軽減も着工30日前までの指定申請が要ります
立地協定が前提の制度が多い：県の補助金も菊陽町の補助金も、協定の締結が要件です
補助金は「予算の範囲内」：要件を満たしても、年度の予算や審査で額が変わることがあります

論点	事実	進出を考える企業への示唆
県の補助金	区分ごとに投資額・雇用数の基準（一般製造業は3億円・5人以上）	まず自社の区分を決める
外資系企業	外資比率50％超は投資・雇用の下限なし（限度1.5億円）	台湾企業の日本法人は該当を確認
市町村	用地取得20〜25％補助、固定資産税の軽減など	雇用者の居住要件まで読む
手続きの順番	着工前の認定・届出が要る制度が多い	用地取得の前に窓口へ

要件や額は年度ごとに改正されるので、申請の前に県・市町村の担当窓口で最新の内容を聞いておくと確実です。税の個別の判断は、税理士などの専門家の領分です。順番さえ守れば、熊本の支援は心強い味方になります。

候補地を比べるなら、atlas plant の地図 で45市町村の誘致方針と公開中の工業用地を見られます。用地のお問い合わせは、県・市町村の掲載ページにある窓口へ。運営の株式会社iSELLは宅地建物取引業者ではないため、土地の売買の仲介や条件の交渉は行いません。

※2026年10月時点の情報です。

出典

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制度は読むだけでは分かりにくい。実際に進めた人の経験も確かめたい。

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